Doanh nghiệp rủi ro về thuế là các doanh nghiệp được thành lập doanh nghiệp theo đúng quy định của pháp luật, có vốn chủ sở hữu dưới 15 tỷ đồng và có một số dấu hiệu quy định tại Khoản 2, Điều 11 Thông tư 39/2014/TT-BTC như sau:

"2. Doanh nghiệp thuộc loại rủi ro cao về thuế tại điểm d khoản 1 Điều này là các doanh nghiệp có vốn chủ sở hữu dưới 15 tỷ đồng và có một trong các dấu hiệu sau:

a) Không có quyền sở hữu, quyền sử dụng hợp pháp các cơ sở vật chất sau: nhà máy; xưởng sản xuất; kho hàng; phương tiện vận tải; cửa hàng và các cơ sở vật chất khác.

b) Doanh nghiệp kinh doanh trong lĩnh vực khai thác đất, đá, cát, sỏi.

c) Doanh nghiệp có giao dịch qua ngân hàng đáng ngờ theo quy định của pháp luật về phòng, chống rửa tiền.

d) Doanh nghiệp có doanh thu từ việc bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ cho các doanh nghiệp khác mà chủ các doanh nghiệp này có mối quan hệ cha mẹ, vợ chồng, anh chị em ruột hoặc quan hệ liên kết sở hữu chéo chiếm tỷ trọng trên 50% trên tổng doanh thu kinh doanh trên Tờ khai quyết toán thuế TNDN của năm quyết toán.

đ) Doanh nghiệp không thực hiện kê khai thuế theo quy định: Không nộp hồ sơ khai thuế hoặc nộp hồ sơ khai thuế sau 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế hoặc kể từ ngày bắt đầu hoạt động kinh doanh theo giấy phép đăng ký kinh doanh; nghỉ kinh doanh quá thời hạn đã thông báo tạm nghỉ kinh doanh với cơ quan thuế và cơ quan thuế kiểm tra xác nhận doanh nghiệp có sản xuất kinh doanh nhưng không kê khai thuế; không còn hoạt động kinh doanh tại địa chỉ đã đăng ký kinh doanh và không khai báo với cơ quan thuế hoặc cơ quan thuế kiểm tra không xác định được nơi đăng ký thường trú, tạm trú của người đại diện theo pháp luật, chủ doanh nghiệp.

e) Người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp bị khởi tố về tội trốn thuế, tội in, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách nhà nước.

g) Doanh nghiệp đang sử dụng hóa đơn tự in, đặt in có sự thay đổi địa chỉ kinh doanh từ 2 lần trở lên trong vòng 12 tháng mà không khai báo theo quy định hoặc không kê khai, nộp thuế ở nơi đăng ký mới theo quy định.

h) Doanh nghiệp có dấu hiệu bất thường khác theo tiêu chí đánh giá rủi ro về thuế của cơ quan thuế."

Chế tài:

- Cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm căn cứ hướng dẫn tại khoản này định kỳ trước ngày 5 hàng tháng, rà soát, kiểm tra thực tế, lập danh sách doanh nghiệp thuộc loại rủi ro cao về thuế. Cục thuế có trách nhiệm tổng hợp danh sách doanh nghiệp thuộc loại rủi ro cao về thuế của Chi cục thuế và doanh nghiệp thuộc quản lý của Cục thuế.

- Ngày 15 hàng tháng, Cục trưởng Cục thuế ban hành Quyết định kèm theo Danh sách doanh nghiệp thuộc loại rủi ro cao về thuế, công bố công khai “Danh sách doanh nghiệp thuộc loại rủi ro cao về thuế thực hiện mua hóa đơn do cơ quan thuế phát hành” trên Trang thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, đồng thời thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết.

- Sau 15 ngày kể từ ngày Cục trưởng Cục thuế ban hành Quyết định và thông báo cho doanh nghiệp biết, doanh nghiệp phải dừng việc sử dụng hóa đơn tự in, đặt in và chuyển sang sử dụng hóa đơn mua của cơ quan thuế. Cơ quan thuế có trách nhiệm bán hóa đơn cho doanh nghiệp để sử dụng ngay sau khi có thông báo cho doanh nghiệp về việc dừng sử dụng hóa đơn đặt in, tự in.

Trường hợp Cục Thuế trong quá trình quản lý xác định là Doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro cao về thuế, không phân biệt Doanh nghiệp mới thành lập hay đang hoạt động thì Cục Thuế thông báo để Doanh nghiệp thực hiện mua hóa đơn của cơ quan thuế trong thời gian 12 tháng (thời gian 12 tháng được tính kể từ ngày Cục Thuế thông báo cho Doanh nghiệp). Hết thời gian 12 tháng, căn cứ tình hình sử dụng hóa đơn, việc kê khai, nộp thuế của doanh nghiệp và đề nghị của doanh nghiệp, trong thời hạn 5 ngày làm việc, Cục Thuế có văn bản thông báo doanh nghiệp chuyển sang tự tạo hóa đơn để sử dụng hoặc tiếp tục mua hóa đơn của cơ quan thuế nếu không đáp ứng điều kiện tự in hoặc đặt in hóa đơn như hướng dẫn tại Thông tư số 39/2014/TT-BTC.

Theo trên, kế toán cần lưu ý:

Vào ngày 15 hàng tháng trên website của Tổng cục thuế sẽ cập nhật quyết định giảm/ tăng số lượng doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế và yêu cầu mua hóa đơn từ Cơ quan thuế.

Theo danh sách cập nhật ngày 15/07/2015 trên website Tổng cục thuế thì các doanh nghiệp thuộc dạng rủi ro cao về thuế là 36 doanh nghiệp. Kế toán cần cập nhật thông tin về các doanh nghiệp này.

Lưu ý ngày ký quyết định cũng là ngày quyết định có hiệu lực, các doanh nghiệp không được phép sử dụng hóa đơn đặt in (đối với các doanh nghiệp được báo tăng trong danh sách) và doanh nghiệp được phép tiếp tục sử dụng hóa đơn đặt in (đối với các doanh nghiệp được báo giảm trong danh sách).

Các hóa đơn của các doanh nghiệp rủi ro cao về thuế được cấp sau ngày có quyết định đều là các hóa đơn không hợp lệ và bị loại ra khỏi chi phí khi tính thuế TNDN.

Đối với các trường hợp phát hiện hóa đơn không hợp lệ như trên, kế toán thực hiện làm văn bản điều chỉnh điều 20 thông tư 39/2014/TT-BTC với nội dung:

"Điều 20. Xử lý đối với hóa đơn đã lập

1. Trường hợp lập hóa đơn chưa giao cho người mua, nếu phát hiện hóa đơn lập sai, người bán gạch chéo các liên và lưu giữ số hóa đơn lập sai.

2. Trường hợp hóa đơn đã lập và giao cho người mua nhưng chưa giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ hoặc hóa đơn đã lập và giao cho người mua, người người bán và người mua chưa kê khai thuế nếu phát hiện sai phải hủy bỏ, người bán và người mua lập biên bản thu hồi các liên của số hóa đơn đã lập sai. Biên bản thu hồi hóa đơn phải thể hiện được lý do thu hồi hóa đơn. Người bán gạch chéo các liên, lưu giữ số hóa đơn lập sai và lập lại hóa đơn mới theo quy định.

3. Trường hợp hóa đơn đã lập và giao cho người mua, đã giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ, người bán và người mua đã kê khai thuế, sau đó phát hiện sai sót thì người bán và người mua phải lập biên bản hoặc có thỏa thuận bằng văn bản ghi rõ sai sót, đồng thời người bán lập hóa đơn điều chỉnh sai sót. Hóa đơn ghi rõ điều chỉnh (tăng, giám) số lượng hàng hóa, giá bán, thuế suất thuế giá trị gia tăng…, tiền thuế giá trị gia tăng cho hóa đơn số…, ký hiệu… Căn cứ vào hóa đơn điều chỉnh, người bán và người mua kê khai điều chỉnh doanh số mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào. Hóa đơn điều chỉnh không được ghi số âm (-)."